Анализът на чистотата на пептидите обикновено се извършва с помощта на високо{0}}течна хроматография (HPLC). Основната цел на масспектрометричния анализ е да потвърди молекулното тегло; понастоящем основните техники, използвани за пептиден анализ, са електроспрей йонизираща масспектрометрия (ESI-MS) и матрична-асистирана лазерна десорбция/йонизационна масспектрометрия (MALDI-MS).
Анализът на аминокиселинния състав разкрива видовете и количествата аминокиселини, присъстващи в пептида, докато фундаменталният принцип, който е в основата на анализа на аминокиселинната последователност, е разграждането на Edman.
Методите за идентифициране на пептидни вторични структури включват кръгов дихроизъм (CD), ядрено-магнитен резонанс (NMR), рентгенова дифракция, наред с други.
По време на процеса на-синтез на твърда фаза могат да се генерират различни примеси-като делеционни последователности, вмъкнати последователности, неправилно-свързани пептиди, епимеризирани пептиди и окислени пептиди-. Идентифицирането на такива свързани с пептид-примеси обикновено се извършва с помощта на течна хроматография-тандемна масспектрометрия (LC/MS/MS); LC-MS позволява точното определяне на масата на пептида, докато MS/MS се използва за изясняване на неговата последователност. Освен това могат да се използват HPLC хроматографски техники за постигане на ефективно разделяне и откриване.
При пептиден синтез в твърда{0}} фаза, ефективността на свързване се оценява основно чрез откриване на наличието на свободни амино групи върху смолата; този метод за откриване е известен като тест на Кайзер (или нинхидринов тест). Ако присъстват свободни аминогрупи, се развива син или червеникаво-кафяв цвят.